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202505002.pdf
文章编号： 1672-6987（2025）05-0010-09 DOI： 10.16351/j.1672-6987.2025.05.002
陆永杰1， 石文博1， 宋维才1， 施超1，2*（1.青岛科技大学 生物工程学院， 山东 青岛 266042；
2.中国科学院昆明植物研究所 中国西南野生物种种质资源库植物种质与基因组学中心， 云南 昆明 650204）
摘要： 油果樟（Syndiclis chinensis C. K. Allen）作为珍稀濒危物种，其叶绿体基因组研究对生物多样性保护具有重要意义。本工作通过高通量测序首次获得其完整叶绿体基因组（160 286 bp，GC含量39%），呈现典型环状四分体结构：LSC（89 335 bp）、SSC（24 623 bp）及IRs（各23 165 bp）。共注释出127个基因，含82个蛋白编码基因、37个tRNA和8个rRNA基因，其中44个基因参与光合作用，70个涉及自我复制，其余功能基因及未知基因各6个。SSR分析鉴定出235个多态性位点，单核苷酸重复占比73.6%（A/T主导）。系统发育树显示油果樟与同属物种形成高支持率进化分支，并与琼楠属亲缘关系较近。本研究首次揭示油果樟叶绿体基因组特征，为其种群遗传演化研究提供分子生物学依据。
关键词： 油果樟； 叶绿体基因组； 基因组结构； 密码子偏好性； 系统发育分析
中图分类号： Q 751 文献标志码： A
引用格式： 陆永杰， 石文博， 宋维才， 等. 油果樟叶绿体基因组特征及系统进化分析［J］. 青岛科技大学学报（自然科学版）， 2025， 46（5）： 10-18.
LU Yongjie， SHI Wenbo， SONG Weicai， et al. Characterization and phylogenetic analysis of the complete chloroplast genome of Syndiclis chinensis［J］. Journal of Qingdao University of Science and Technology（Natural Science Edition）， 2025， 46（5）： 10-18.
Characterization and Phylogenetic Analysis of the Complete Chloroplast Genome of Syndiclis Chinensis
LU Yongjie1， SHI Wenbo1， SONG Weicai1， SHI Chao1，2（1.College of Bioengineering， Qingdao University of Science and Technology， Qingdao 266042， China；2.Plant Germplasm and Genomics Center， Germplasm Bank of Wild Species in Southwest China， Kunming Institute of Botany， the Chinese Academy of Sciences， Kunming 650204， China）
Abstract： Syndiclis chinensis C. K. Allen， a rare and endangered species， holds significant importance for biodiversity conservation. This study reports the first complete chloroplast genome of S. chinensis （160 286 bp， 39% GC content） obtained through high-throughput sequencing. The genome exhibits a typical circular quadripartite structure， comprising a large single-copy （LSC， 89 335 bp）， a small single-copy （SSC， 24 623 bp）， and two inverted repeat regions （IRs， 23 165 bp each）. A total of 127 genes were annotated， including 82 protein-coding genes， 37 tRNA genes， and 8 rRNA genes. Functional classification revealed 44 photosynthesis-related genes， 70 self-replication genes， and 12 others （6 with other functions and 6 with unknown functions）. Simple sequence repeat （SSR） analysis identified 235 polymorphic loci， with mononucleotide repeats （predominantly A/T） accounting for 73.6%. Phylogenetic analysis demonstrated that S. chinensis forms a highly supported evolutionary clade with congeneric species and is closely related to the Beilschmiedia genus. This study provides the first molecular insights into the chloroplast genome of S. chinensis， offering a foundation for elucidating its population genetics and evolutionary mechanisms， which is critical for conservation strategies.
Key words： Syndiclis chinensis C. K. Allen； chloroplast genome； genomic structure； codon bias； phylogeny
收稿日期： 2024-11-22
基金项目： 国家自然科学基金项目（31701090）.
作者简介： 陆永杰（1993—）， 女， 硕士研究生. * 通信联系人.
